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常用的色譜柱填充劑有硅膠和化學鍵合硅膠、離子交換樹脂、凝膠或玻璃微球等填充劑。在化學鍵合硅膠中以十六烷基硅烷鍵合硅膠 *常用,辛基硅烷鍵合硅膠次之,氰基或氨基鍵合硅膠也有使用。近年來,由于蛋白質等生物大分子物質分離提純技術的飛速發展,離子交換色譜柱、凝膠色譜柱的應用也越來越廣。